פרופ' בן חיים בוגר הפקולטה לרפואה בטכניון בחיפה בהצטיינות משנת 1987, סיים התמחות באורולוגיה בבית החולים תל השומר בשנת 1993, ותת התמחות באורולוגית ילדים בשנת 1995, בבית החולים Johns Hopkins בבולטימור שבמרילנד, הנחשב מבתי החולים המובילים בארצות הברית.
פרופ' יעקב בן חיים חבר סגל בפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב משנת 1999. במסגרת זו מרצה בלימודי המשך לרופאים מתמחים באורולוגיה, ומדריך סטודנטים לרפואה בתחום של אורולוגית ילדים ואורולוגיה כללית.
פרופ' בן חיים מרצה בכנסים מקצועיים בנושא אורולוגית ילדים בארץ ובחו"ל. הוא העביר עשרות מצגות בכנסים רפואיים בעולם, כתב ופרסם עשרות מאמרים מקוריים בעיתונות רפואית מקצועית עולמית, בנוסף לכך פרסם תיאורי מקרה, וכתב פרקים בספרות רפואית מקצועית.
פרופ' יעקב בן חיים מנהל גם את מרפאת אורולוגית ילדים בבית החולים דנה לילדים איכילוב. הוא משמש בנוסף כרופא בכיר במחלקה האורולוגית בבית החולים איכילוב, ובמסגרת זו מטפל גם במבוגרים. במסגרת תת התמחות באורולוגית ילדים פרופ' יעקב בן חיים הוכשר להתמודד עם מומים מורכבים מאוד בדרכי השתן התחתונות, כאשר המורכב שבהם הינו שלפוחית ושופכה פתוחים לגמרי, הממוקמים בבטן התחתונה (אקסטרופיה של כיס השתן). מום זה נחשב אחד מהמומים המורכבים ביותר, הדורש מיומנות גבוהה בביצוע הניתוח, שנחשב ניתוח מורכב ביותר המבוצע במספר שלבים. מום מולד בפיית השופכה שאינה מגיעה לקצה איבר המין – היפוספדיאס, מצריך ניסיון רב בביצוע הניתוח הנדרש לתיקונו. ניסיון זה נדרש כדי לבחון את השיטה או הדרך הנכונה להתמודדות בכל מקרה ומקרה.
פרופ' יעקב בן חיים ביצע עד היום אלפי ניתוחים אורולוגיים לתיקון מומים מולדים למיניהם, ומעל אלפיים ניתוחי היפוספדיאס. תיקון לא מוצלח של היפוספדיאס ועקמת הפין, עלול לגרום להשלכות פסיכולוגיות, השלכות על התפקוד המיני, ולעיתים השלכות על הפוריות.
פרופ' בן חיים בעל ידע וניסיון רב בביצוע ניתוחי מום מולד בפיית השופכה (היפוספדיאס), במיוחד במקרים מורכבים לאחר ניתוחים כושלים, בהם בוצע ניתוח שמטרתו לתקן מום מולד בפיית השופכה, שלאחריו הופיע סיבוך או כשלון בתיקון המום.
פרופ' יעקב בן חיים בעל ידע וניסיון רב במגוון רחב של שיטות ניתוחיות, בהתאם לסוג ורמת החומרה של המום המולד. הוא פיתח שיטות ניתוחיות במיוחד בפתרון של מומים באיבר המין. פרופ' יעקב בן חיים מבצע ניתוחים בשיטות חדשניות זעיר פולשניות ללא חתכים, או חתכים קטנים בבטן. ניתוח שמבוצע בשיטה זעיר פולשנית – אנדוסקופית, לפרוסקופית או לפרוסקופיה רובוטית, מפחית סיבוכים, מאפשר החלמה וחזרה לשגרה יותר מהירה, ומשאיר צלקות מזעריות.